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良好的性能來自一絲不茍的執(zhí)著15000622093
關鍵詞:熒光定量PCR儀、數(shù)字PCR儀、微量分光光度計
定量PCR還是數(shù)字PCR
隨著數(shù)字PCR技術應用的展開,越來越多實驗室被其定量的方式、結果的高靈敏度、高重復性等特質所吸引。2012年年底,由Frost & Sullivan公司在北美市場進行的調研顯示,約三分之一的被訪者表示會考慮購買數(shù)字PCR設備。
那么,是否意味著目前在研究、臨床和工業(yè)領域內,廣泛采用的熒光定量PCR技術將被淘汰?數(shù)字PCR很快就要將其*取代?越來越多實驗室對陳斯卡提出類似問題。結合多年推廣定量PCR與近幾年投身數(shù)字PCR領域的經驗心得,陳斯卡談談自己的體會,供大家參考。
陳斯卡總體的觀點是:雖然絕大多數(shù)定量PCR的應用都可以使用數(shù)字PCR完成,但在可預期的將來,兩者將長期共存。到底使用定量PCR還是數(shù)字PCR,取決于具體應用和對數(shù)據(jù)的要求。兩者不是either/or的關系,而是both/and的關系。兩種技術平臺各自的特點與現(xiàn)狀大致可從下面8個方面說明。
1. 在20多年的使用和發(fā)展中,定量PCR作為一種技術平臺,已經產出海量的數(shù)據(jù),在工業(yè)界和分子檢測的某些應用上,定量PCR已經成為“金標準”?;A研究方面,則形成了被稱為MIQE的“定量PCR標準實驗指南”。
2. 在定量PCR的各種應用中,基因表達分析(gene expression analysis)的應用比重約占七成,綜合各種因素來看,眼下定量PCR還是進行基因表達研究的理想手段。
3. 上述的“各種因素”具體展開,主要包括:通量、自動化程度、各種檢測探針與染料、檢測通道、成本和可參考文獻與protocol的數(shù)目等等。
4. 就目前市場上已有的數(shù)字PCR設備來看,定量PCR在檢測的線性范圍上具有優(yōu)勢,意味著同一個run內可對各種表達豐度的樣品進行分析。
5. 目前定量PCR已經能實現(xiàn)高通量樣品條件下的自動化操作。
6. 數(shù)字PCR在單分子層面上的定量,可以*擺脫對標準曲線的依賴而直接給出靶序列的拷貝數(shù),提高了實驗結果在批內和批間的穩(wěn)定性,甚至能用來對標準品進行定標。
7. 基于定量的方式,數(shù)字PCR結果的高重復性和高精度可實現(xiàn)微小差異的基因表達分析,如等位基因的不平衡表達、單細胞基因表達分析、microRNA表達分析等等。所謂“微小差異”的標準一般而言是指表達水平的差異在2倍以內。
8. 同等條件下,數(shù)字PCR在靈敏度方面擁有優(yōu)勢,使得該技術已成為腫瘤的液態(tài)活檢、病原微生物檢測、轉基因成分測定、宿主殘留DNA分析等的熱門技術。
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